Entrando, sulla destra, tra la porta d'ingresso ed il confessionale, è murata sulla parete la lastra sepolcrale con la figura della badessa Viviana de Salvectis (+1435), contornata da un'iscri­zione a caratteri gotici. Mentre, a sinistra, subito dopo la porta, vi è un'altra lastra marmorea della badessa Lucia, prima sul pavimento fino al 1961, anch'essa contornata da iscrizione a carat­teri gotici. Più avanti, a metà circa della parete destra, è murata la grande epigrafe a ricordo dei lavori di Urbano VIII.

Al centro della navatella, si trova la Cappella della Madonna e di San Flaviano. Fu fatta costruire e decorare dal sacerdote spagnolo Francesco di San Giovanni e Bernedo, nel 1702. Egli dispose che fosse retta da un sacerdote "nativo di Navarra o dei regni di Castiglia", con l'impe­gno di preghiera per il Re Cattolico e la sua monarchia. La cappella è aperta da due paraste con capitelli di tipo ionico, che reggono la trabeazione avente al centro lo stemma Petroni. La pianta è rettangolare con soffitto a botte. Gli stucchi sono del maestro Bertoni. La balaustra è in pietra-santa e il paliotto dell'altare in marmi policromi. La mostra dell'altare è definita da due colonne rudentate e tortili, simili alle due di marmo bianco della navata centrale.

La pala dell'altare è attribuita a Girolamo Troppa (1637-1705), seguace di Pietro da Cortona e autore delle altre due tele laterali. Essa raffigura San Flaviano, San Fausto, e il Presbitero Giovanni, mentre venerano l'immagine della "Madonna con Bambino", detta anche "Madonna Paolina o Salus Popoli Romani", che si può ammirare nella Cappella Paolina della Basilica di S. Maria Maggiore. Il probabile tema generale del quadro è la contemplazione dell'Assunzione di Maria.

Il dipinto sul lato destro (cm.237x172), anch'esso attribuito a Girolamo Troppa, raffigura San Carlo Borromeo, San Filippo Neri e San Francesco Saverio, con inserito il ritratto di Carlo II, re di Spagna (1665-1700), doppiamente parente del precedente, quale cugino e cognato, con un angelo che regge il cartiglio di lode, che significa: "I regni creano i re: ma con quale nome chia­merò te, Carlo, che l'uno e l'altro mondo (Americhe, ndr) ti fa re ?".

Il dipinto che è sul lato sinistro (cm.237x172), pure di Girolamo Stroppa, raffigura San Giovanni Battista, San Giovanni Evangelista e San Giacomo Maggiore. In basso a sinistra, c'è il ritratto di un sovrano, Leopoldo I, imperatore d'Austria (1640-1705). Anche qui spicca una scrit­ta laudativa in latino, che significa: "Questo è Leopoldo, eccelso nella fede e nelle armi: con que­ste ha retto l'impero sulla terra, con quella l'ha innalzato fino al cielo". Espressione riferita alle lotte che detto imperatore condusse contro il protestantesimo e contro i Turchi.

La datazione di questi quadri non può certamente superare le date della morte di ambe­due, in quanto il contenuto dei cartigli si riferiscono a persone ancora in vita ed in grado di svol­gere un preciso ruolo politico. I dipinti, sia per la fattura che per la composizione e l'impianto generale, appartengono chiaramente ad un unico e medesimo autore.

Proseguendo sulla destra si entra nella piccola Cappella della Sacra Famiglia, ricavata dall'antica sacrestia e decorata dal veronese Bruno Mastacchi, nel 1957. Presiede l'altare una tela di Gian Battista Conti (1953), che rappresenta la Sacra Famiglia con Gesù, giovane falegname.

Sulla parete di fondo della navatella vi è la pala dell'altare di S. Dafrosa (1626-1627). La Santa prega, in ginocchio, mentre un angelo le reca la palma e la corona, simboli del martirio. Il dipinto è attribuito a Pietro da Cortona.