Entrando, vi sono due lastre funebri in marmo, a destra della badessa Lucia (+1341) e a sinistra della badessa Maria (+1424), ambedue con iscrizioni a caratteri goticheggianti. Dopo il confessionale, incastonata sulla parete vi è l'epigrafe, già sul pavimento fino al 1961, di Crispoldo di Matteo, con l'immagine del defunto scolpito a bassorilievo, il suo stemma e tutta l'iscrizione commemorativa.
Proseguendo, troviamo la Cappella di Santa Gertrude Magna. E' a pianta rettangolare, con balaustra in marmo bianco e specchiature in marmo giallo antico. Nel muro di fondo vi è una grande finestra lunettata, con fregi di foglie e fiori. L'altare è fiancheggiato da due colonne in breccia corallina, con capitelli corinzi e sormontato da un frontespizio spezzato, con al centro teste di cherubini in stucco e un angelo che sostiene la croce.
La tela rappresenta S. Gertrude Maga in estasi, che indossa l'abito di badessa dell'ordine cistercense. L'opera è attribuita al pittore fiammingo Jacopo Verona, nato a Roma sulla fine del 1600. Sulla parete destra è il monumento funebre di Vincenzo Paciotti, che aveva fatto erigere la Cappella. Era stato protonotario apostolico e priore della Cappella Paolina di S. Maria Maggiore. Il piccolo monumento è in marmo bianco, a forma di sarcofago, e poggia su delle mensole tra le quali si trova un teschio alato. In alto vi è lo stemma del defunto.
Sul fondo della navatella troviamo la Cappellina di S. Demetria. L'architettura è del Bernini, analoga a quella della cappella opposta. Sull'altare la tela che raffigura S. Demetria, sorella di S. Bibiana. Il dipinto è attribuito ad Agostino Ciampelli e rappresenta la Santa in atto di ricevere dagli angeli la palma e la corona del martirio.